本项目拟解决的三个关键科学问题：（1）建立和设计绿色环保的秸秆预处理方法和配套发酵设备，为秸秆大规模资源化利用提供可靠和便利的基础条件。（2）以不同秸秆资源为基础，筛选差异化高效酶生产菌株。并在此基础上，对相关菌株进行基因工程和蛋白质工程改造，增加酶表达水平和稳定性，降低酶的使用成本，是秸秆高效转化的重要前提条件。（3）筛选高效安全的高产蛋白的酵母菌株。

    关键技术和主要技术难点产高效纤维素酶、半纤维素酶和木质素降解酶菌株的筛选和定向改造的遗传操作系统的构建：土壤和动物的胃肠道中存在着大量可以高效降解秸秆复杂碳水化合物的微生物，是相关产酶菌的筛选的重要来源途径。为研制高效利用差异化秸秆资源的酶制剂，本项目以筛选得到的相关菌株为起始菌株，结合基因工程和蛋白质工程技术，对菌株进行定向改造，构建高效稳定的真菌和细菌菌种资源和重组酶表达系统。秸秆通过理化处理后接种复合纤维降解酶制剂与酵母菌，用磷酸盐与尿素调节pH，调整水分经过2天好氧发酵及3天以上厌氧发酵，饲料中粗蛋白含量大于10%，其中真蛋白占粗蛋白大于98%，酸溶蛋白含量大于8%，酵母总菌数大于5×109 CFU/g。每年可代替500万吨常规饲料，实现销售500亿，减少饲料成本200亿。